低聚果糖是水溶性的膳食纤维，一般是没有为什么危害。但是，长期服用低聚果糖是没有必要，而且这类产品并不便宜，无需要就不用长期服，可以改用水苏糖可能更放心。
如果是靠日常吃豆浆豆腐来达到调节肠道菌群补充低聚糖的目的，那可能需要的量会很大。但是豆浆等豆制品，吃多了还会引起胀气消化不良等不适。
