目前已知存在的肠胃益生菌种类很多，通过分子生物学技术和各种培养方法，可以鉴定出上百种肠胃益生菌，其中较为常见的包括双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、链球菌、梭菌等。不同种类的肠胃益生菌在维护肠道健康、促进消化吸收等方面起到的作用也不尽相同。
由于肠道菌群的复杂性和多样性，其具体的分类可能随着研究的深入而不断发生变化。肠道菌群的数量和种类因个体差异而异，受到遗传、饮食、生活习惯等多种因素的影响。在研究和理解肠道菌群时，需要综合考虑多种因素。
