肠道原生菌是一种存在于人类及动物的肠道中的微生物群落。它们主要包括细菌、真菌、放线菌和病毒等微生物，其中最主要的是细菌。肠道原生菌在肠道内起着重要的生理功能，如帮助消化食物、合成维生素、调节免疫系统等。它们还与宿主的健康密切相关，不仅可以帮助维持肠道的健康，还与多种疾病的发生和发展有着密切的关系，如肠道炎症、肥胖、自身免疫性疾病等。研究肠道原生菌及其功能对于维护人体健康具有重要意义。
肠道微生态失衡是肠道菌群在种类、数量、比例或分布上发生异常改变的状态，其本质是肠道菌群与宿主、环境间的动态平衡被打破。例如，长期服用广谱抗生素可能使肠道菌群多样性下降，引发抗生素相关性腹泻。
