益生菌主要分布在大肠和小肠的粘膜表面和肠道内。其中，最多的益生菌主要分布在大肠中，包括双歧杆菌、乳酸菌、放线菌等。而小肠中益生菌的数量较少，包括乳酸菌、嗜热链球菌等。这些益生菌在肠道中可以协助消化食物，保持肠道 pH 值的稳定，增强肠道免疫功能，防止有害细菌侵入肠道等。
肠道微生态失衡是肠道菌群在种类、数量、比例或分布上发生异常改变的状态，其本质是肠道菌群与宿主、环境间的动态平衡被打破。例如，长期服用广谱抗生素可能使肠道菌群多样性下降，引发抗生素相关性腹泻。
