人的肠道菌群是从出生开始逐渐形成的。母体的阴道、乳汁和子宫内膜上皮受孕前都是微生物群落的栖息地，会被传递给新生儿。人类常接触到的环境中也存在着大量的微生物，包括空气、水、食物等等，这些微生物也可能影响肠道菌群的形成。除此之外，生活习惯、饮食结构、药物使用等因素也会对肠道菌群的构成和变化产生影响。
肠道微生态失衡是肠道菌群在种类、数量、比例或分布上发生异常改变的状态，其本质是肠道菌群与宿主、环境间的动态平衡被打破。例如，长期服用广谱抗生素可能使肠道菌群多样性下降，引发抗生素相关性腹泻。
