三大菌群分别是细菌、真菌和病毒。细菌是一类单细胞生物,可以在自然界中广泛存在,包括土壤、水体和人体等环境中。真菌是一类多细胞生物,具有真核细胞和细胞壁,常见的有霉菌、酵母菌、蘑菇等。病毒是一类非细胞生物,无法独立生存,必须寄生在其他细胞内才能生存和繁殖。它们分别在生态系统、医学、生物学等领域起着重要作用。