肠道细菌可以影响人的消化、免疫系统、心理健康、体重控制等方面。具体地说，肠道细菌可以帮助消化食物中难以消化的成分，例如纤维素和淀粉质，并且可以产生有益的营养素和短链脂肪酸；肠道细菌还可以维持肠道壁的完整性，防止有害物质进入血液循环系统；肠道细菌还可以影响人的情绪和行为，例如产生神经递质和激素，通过与中枢神经系统的交互作用来影响人的情绪和情感状态。由于肠道细菌的重要性，保持健康的肠道微生物群落已成为近年来健康生活方式的重要组成部分。
肠道微生态失衡是肠道菌群在种类、数量、比例或分布上发生异常改变的状态，其本质是肠道菌群与宿主、环境间的动态平衡被打破。例如，长期服用广谱抗生素可能使肠道菌群多样性下降，引发抗生素相关性腹泻。
