长期的肠道菌群失调可能会使身体出现不适，包括消化不良、便秘、腹泻、腹痛、肠道炎症等症状。
长期肠道菌群失调也可能导致免疫系统紊乱，增加患上自身免疫病的风险，如类风湿性关节炎、自身免疫性甲状腺炎等。
另外一些研究也显示，肠道菌群失调与心血管疾病、糖尿病等慢性疾病的发生和发展有一定关系。保持肠道菌群的平衡对于身体健康至关重要。
肠道微生态失衡是肠道菌群在种类、数量、比例或分布上发生异常改变的状态，其本质是肠道菌群与宿主、环境间的动态平衡被打破。例如，长期服用广谱抗生素可能使肠道菌群多样性下降，引发抗生素相关性腹泻。
