肥胖的根本原因主要是长期的摄入的卡路里超过了消耗的卡路里，俗称“卡路里摄入超过消耗”。身体摄入的卡路里多余消耗的时候，脂肪细胞就开始储存余下的卡路里。持续年复一年，脂肪堆积越来越多，最终就可能造成肥胖问题。另外，基因也是影响肥胖的一个重要因素，一些人因为基因变异，不管自己摄取多少卡路里，也很容易出现肥胖症状。
在上海系统生物医学中心、中科院绿谷研究院等举办的有关论坛上透露，原来肥胖症、糖尿病在很大程度上与人肠道微生物有关。
