菌群失调是指人体内菌群（包括肠道、皮肤、生殖道等处的微生物群落）的组成和平衡被打破，导致一系列问题的状况。菌群失调可能导致炎症反应，炎症是免疫系统对于损伤、感染或刺激的一种自我保护机制，旨在清除致病微生物、修复组织损伤。当菌群失调时，某些有益菌的数量减少，或者某些有害菌的数量增多，导致免疫系统过度激活，产生过度的炎症反应。菌群失调可能引起多种炎症，如肠炎、皮肤炎、尿道炎等。
比如有炎症感染的情况下，可以正常食用益生元，益生元不会加重炎症的感染的，日常食用益生元有助于增加肠道免疫，抵抗外来的病菌等侵扰。但是急性的炎症不能指望吃益生元就能达到消炎的效果，益生元起效慢不是药物，不能当抗生素来使用。
