厚壁菌门包括了很多种不同的细菌,有些是有益菌,有些是有害菌,而有些则是中性菌,对人类和环境没有明显的影响。例如,厚壁菌门中的一些菌株可以用于制造发酵食品和药品,具有益生菌的作用;而另一些菌则会引发食物中毒和其他疾病,具有有害菌的作用。不能简单地将厚壁菌门归纳为有益或者有害菌。