肠道菌群可以分为三类：有益菌、中性菌和有害菌。有益菌包括乳酸杆菌、双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等，它们能够消化食物、产生营养物质、抗菌等，对人体有益。中性菌是指在肠道内生长繁殖但不产生明显的影响的细菌，如普通大肠杆菌。有害菌包括沙门氏菌、大肠杆菌O157等，它们能够引起肠道感染疾病。
肠道微生态失衡是肠道菌群在种类、数量、比例或分布上发生异常改变的状态，其本质是肠道菌群与宿主、环境间的动态平衡被打破。例如，长期服用广谱抗生素可能使肠道菌群多样性下降，引发抗生素相关性腹泻。
