只有经过严格筛选和加工处理的特定菌株的益生菌才能在胃酸和胆汁的作用下存活并到达肠道，如双歧杆菌、乳酸菌、嗜酸乳杆菌等。其中，常见的双歧杆菌和嗜酸乳杆菌在生产过程中要求菌株的存活率达到90%以上。这些益生菌还需要以适当的剂量、形态及存储方式投入到人体肠道中才能发挥功效。在选择益生菌制品时，应该选择经过严格检测和科学配比的产品，并按照说明书正常使用。
肠道微生态失衡是肠道菌群在种类、数量、比例或分布上发生异常改变的状态，其本质是肠道菌群与宿主、环境间的动态平衡被打破。例如，长期服用广谱抗生素可能使肠道菌群多样性下降，引发抗生素相关性腹泻。
