菌群失调炎症反应指的是人体内菌群失调导致的炎症反应。菌群失调指的是人体内有益菌和有害菌的比例失衡，导致有害菌数量过多，繁殖过快，从而影响正常生理功能，引发炎症反应。常见的炎症反应表现为肠道不适、腹泻、便秘、呕吐、消化不良、皮肤瘙痒、过敏等。造成菌群失调的原因包括不良生活习惯、药物使用、饮食习惯、环境污染等。治疗菌群失调炎症反应需要采取综合治疗措施，调整生活习惯、饮食结构、药物治疗、肠道菌群调整等。
比如有炎症感染的情况下，可以正常食用益生元，益生元不会加重炎症的感染的，日常食用益生元有助于增加肠道免疫，抵抗外来的病菌等侵扰。但是急性的炎症不能指望吃益生元就能达到消炎的效果，益生元起效慢不是药物，不能当抗生素来使用。
