发酵菌通常包括以下菌类：
1. 酵母菌：如面包酵母菌、啤酒酵母菌、酒精发酵酵母菌等；
2. 乳酸菌：如乳酸乳杆菌、嗜酸乳杆菌、炭疽芽胞杆菌等；
3. 醋酸菌：如醋酸杆菌、醋酸乳杆菌等；
4. 酪酸菌：如葡萄球菌、产酸链球菌等；
5. 曲霉菌：如黑曲霉、黄曲霉等。
这些菌类在食品、饮料、药品等领域有广泛的应用，如面包、啤酒、酸奶、干酪、酱油、豆腐、泡菜等。
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