菌体主要由细胞壁、细胞膜、细胞质、核以及一些细胞器组成。其中,细胞壁是细菌和真菌所特有的,由多种不同的化学物质组成,如多糖、蛋白质等。细胞膜是菌体内部与外部环境之间的关键界面,由脂质双层组成。细胞质是位于细胞膜和核之间的物质,包含各种细胞器和细胞代谢所需的酶等物质。核则是菌体的遗传信息中心,包含菌体的基因组。