微生物肠道菌是指在人体肠道内生活的微生物，包括细菌、真菌、寄生虫等。这些微生物在人体内有着重要的生态作用，帮助消化、吸收营养物质，保护宿主机体免受外界微生物的侵袭，并对人体免疫系统的发育、功能和整体健康起到重要作用。研究表明，肠道微生物群落的紊乱与多种疾病的发生和发展有关，例如肥胖症、炎症性肠病、自身免疫性疾病等，因此调节微生物菌群平衡对人体健康有着重要的意义。
肠道微生态失衡是肠道菌群在种类、数量、比例或分布上发生异常改变的状态，其本质是肠道菌群与宿主、环境间的动态平衡被打破。例如，长期服用广谱抗生素可能使肠道菌群多样性下降，引发抗生素相关性腹泻。
