肠道内益生菌种类繁多，目前已知的肠道内益生菌种类超过1000种。其中较为常见的包括双歧杆菌属（如双歧杆菌、长双歧杆菌等）、乳酸杆菌属（如嗜酸乳杆菌、短小乳杆菌等）、双歧链球菌属（如双歧链球菌B群等）、芽孢杆菌属（如屎肠球菌、硝酸盐还原屎肠球菌等）等。不同种类的益生菌对人体的益处也有所不同。
由于肠道菌群的复杂性和多样性，其具体的分类可能随着研究的深入而不断发生变化。肠道菌群的数量和种类因个体差异而异，受到遗传、饮食、生活习惯等多种因素的影响。在研究和理解肠道菌群时，需要综合考虑多种因素。
