肠道内益生菌种类繁多,目前已知的肠道内益生菌种类超过1000种。其中较为常见的包括双歧杆菌属(如双歧杆菌、长双歧杆菌等)、乳酸杆菌属(如嗜酸乳杆菌、短小乳杆菌等)、双歧链球菌属(如双歧链球菌B群等)、芽孢杆菌属(如屎肠球菌、硝酸盐还原屎肠球菌等)等。不同种类的益生菌对人体的益处也有所不同。