微生态菌群可以在一定程度上抑制某些疾病，例如肠道炎症、过敏反应等，但并不是每个人都适合每种微生态菌群，也不是每种微生态菌群都能在所有人身上产生同样的效果。在使用微生态菌群作为预防或治疗措施之前，应首先咨询医生的建议。
此外益生菌制剂在防治手足口病上具有很好的效果，对于适龄儿童，通过补充水苏糖等益生剂可促进原籍菌生长，益生菌能较好较快的激活免疫应答，从而更好地发挥对肠道的特异性免疫应答，产生针对肠道病毒的抗体。
