有益菌比如在腌菜的过程中，或者发面的过程中，都会有变色的可能。特别是活性有益菌，在溶于水中后，随着发酵会有变色。也有的益生菌在食用过程中发酵产生有机酸或者生物镁，跟其他的食物接触，比如花青素也会变成玫红色。
所有能够帮助促进体内益生菌生长的物质都可以称为益生元。含有丰富的膳食纤维的蔬果类都是益生元的来源、都是可以帮助大量增加肠道有益菌的。
