正常人肠道数量最多的细菌是肠道菌群中的双歧杆菌（Bifidobacterium）和乳酸菌（Lactobacillus）。这些益生菌能够帮助维持肠道健康，抑制有害菌的生长，促进免疫系统的正常运转。其它常见的肠道菌群包括肠球菌（Enterococcus）、大肠杆菌（Escherichia coli）、屎肠球菌（Clostridium perfringens）等。
肠道微生态失衡是肠道菌群在种类、数量、比例或分布上发生异常改变的状态，其本质是肠道菌群与宿主、环境间的动态平衡被打破。例如，长期服用广谱抗生素可能使肠道菌群多样性下降，引发抗生素相关性腹泻。
