菌群失调是指肠道内的微生物群落失衡，其中某些种类的细菌过多或过少，而炎症是指组织的生物学反应，通常是由创伤、感染、过敏反应或自身免疫疾病等原因引起的。菌群失调可能会导致一些肠道症状，如腹泻或便秘，但不一定会出现炎症。而炎症的出现需要考虑病因和病情的严重程度。
比如有炎症感染的情况下，可以正常食用益生元，益生元不会加重炎症的感染的，日常食用益生元有助于增加肠道免疫，抵抗外来的病菌等侵扰。但是急性的炎症不能指望吃益生元就能达到消炎的效果，益生元起效慢不是药物，不能当抗生素来使用。
