菌群失调可能导致炎症，但它本身不一定是炎症。菌群失调是指体内微生物群落的数量或种类出现异常，导致机体内微生物生态平衡被打破。这可能导致许多不同的健康问题，包括炎症。在某些情况下，菌群失调可能导致身体对某些细菌或其他微生物的过度反应，引发炎症反应。菌群失调可以是引起炎症的一个因素。
比如有炎症感染的情况下，可以正常食用益生元，益生元不会加重炎症的感染的，日常食用益生元有助于增加肠道免疫，抵抗外来的病菌等侵扰。但是急性的炎症不能指望吃益生元就能达到消炎的效果，益生元起效慢不是药物，不能当抗生素来使用。
