肠道中存在的细菌包括大肠杆菌、肠球菌、厌氧菌等，其中一部分细菌是有益的，有助于消化和免疫系统的正常功能。也存在一些有害细菌，如沙门氏菌、志贺氏菌、霍乱弧菌等，它们可能引起肠道感染、腹泻、恶心、呕吐等症状。有害细菌多少取决于个体的饮食、卫生等习惯以及环境因素。
肠道微生态失衡是肠道菌群在种类、数量、比例或分布上发生异常改变的状态，其本质是肠道菌群与宿主、环境间的动态平衡被打破。例如，长期服用广谱抗生素可能使肠道菌群多样性下降，引发抗生素相关性腹泻。
