肠道菌群主要利用的营养物质包括：膳食纤维、碳水化合物、蛋白质、脂肪等。其中，膳食纤维是肠道菌群主要的能量来源，被菌群中的纤维素酶分解成短链脂肪酸，如丙酸、丁酸等，供给肠道上皮细胞能量，并参与调节肠道功能；碳水化合物、蛋白质和脂肪也是肠道菌群的重要营养来源，被分解为不同的代谢产物，如氨基酸、脂肪酸、气体等，对肠道营养吸收和免疫调节起重要作用。
肠道微生态失衡是肠道菌群在种类、数量、比例或分布上发生异常改变的状态，其本质是肠道菌群与宿主、环境间的动态平衡被打破。例如，长期服用广谱抗生素可能使肠道菌群多样性下降，引发抗生素相关性腹泻。
