菌群失调可能不会导致感染或炎症，但它可能会影响身体的正常功能和健康。例如，肠道菌群失调可能导致消化不良、营养不良、肠道易患疾病等问题。而阴道菌群失调则可能导致不适、瘙痒、分泌物异常等问题。保持菌群平衡对身体健康非常重要。
比如有炎症感染的情况下，可以正常食用益生元，益生元不会加重炎症的感染的，日常食用益生元有助于增加肠道免疫，抵抗外来的病菌等侵扰。但是急性的炎症不能指望吃益生元就能达到消炎的效果，益生元起效慢不是药物，不能当抗生素来使用。
