肠道菌群失调会对肠道产生直接影响。肠道菌群失调可能导致肠壁屏障功能降低，从而使细菌和其他代谢产物通过肠壁进入血液循环，引发炎症反应。肠道菌群失调还可能导致消化问题、免疫系统紊乱、营养吸收问题，以及其他与肠道相关的健康问题。肠道菌群失调的影响最先体现在肠道上。
肠道微生态失衡是肠道菌群在种类、数量、比例或分布上发生异常改变的状态，其本质是肠道菌群与宿主、环境间的动态平衡被打破。例如，长期服用广谱抗生素可能使肠道菌群多样性下降，引发抗生素相关性腹泻。
