菌落标本来源可以是从环境、动物和人体样本中收集的。例如，从土壤、水、食品、植物、动物粪便、人类呼吸道和消化道等样本中收集，然后培养在富含营养物质的培养基中进行分离和纯化，得到单一的菌落，在菌落上进行鉴定和进一步研究。
