菌群抑制通常是由其他微生物种类的存在和生长所引起的。某些微生物会产生抗生素、酸和其他化合物,在它们的生长环境中创造出有利于它们自身的环境,并且抑制其他微生物的生长。在某些情况下,菌群抑制可能是一种自然防御机制,帮助微生物保护自己免受竞争者的侵害。
此外益生菌制剂在防治手足口病上具有很好的效果,对于适龄儿童,通过补充水苏糖等益生剂可促进原籍菌生长,益生菌能较好较快的激活免疫应答,从而更好地发挥对肠道的特异性免疫应答,产生针对肠道病毒的抗体。