菌群多样性是指一个生态系统（如土壤、海洋或肠道）中的微生物种类和数量的多样性。它是一个重要的生态指标，对维持生态系统的稳定性和功能至关重要。菌群多样性可以分为一级和二级。
二级菌群多样性是指菌群的功能多样性。换句话说，它是与各种生物和化学过程相关的菌群的功能多样性。这些功能包括分解有机物质、氮固定、有害化学物质的降解和生产特定的化学物质。二级菌群多样性对于生态系统的繁荣和健康至关重要。
保持一个健康的菌群多样性可以通过多种方式来实现，包括减少使用农药和化肥、使用有机肥料、避免过度灭菌以及鼓励有益微生物的生长。
