菌群失调可能导致炎症反应，严重程度因人而异。一些菌群失调可能仅导致轻微的不适，而其他情况可能会导致严重疾病，如炎症性肠病、肠易激综合症等。如果出现菌群失调的迹象，应及早采取措施进行治疗和预防。
比如有炎症感染的情况下，可以正常食用益生元，益生元不会加重炎症的感染的，日常食用益生元有助于增加肠道免疫，抵抗外来的病菌等侵扰。但是急性的炎症不能指望吃益生元就能达到消炎的效果，益生元起效慢不是药物，不能当抗生素来使用。
